Самые распространенны е, что он плохо настроен. Хостеру лень рыться, он начинает всех собак вешать на клиента.

Если какая то стандартная CMS, то в принципе механизм отлажен, все движки типовые, скрипты одни и те же, настроено под большинство сайтов по шаблону.
Но часто бывает, что или какие то библиотеки не догружает или еще какая то фигня. Это требует каких то дополнительных доводок, которые хостеру по большому счету нафиг не нужны. Поэтому прежде всего размещайте свой новый сайт не снося старого. Или залейте на технический адрес (без домена по IP) или на любой домен, чтоб только потестить все функции.
Я в прошлом году очень сильно намучался. Послушал специалистов одой хостинг компании, потом выяснилось, что та конфигурация вообще не тянет мой сайт (непонятно нахрена нужно было давать отмашку, типо едь, все нормально).
В итоге менял еще два хостера. Самое говенное, что это все наживую с работающим интернет магазином.
Поэтому, когда будете переезжать, то
1. пусть хостер напишет что входит в базовую поддержку,, что Вы получите за уплоченные деньги. потому что поначалу все обещают, а потом выясняется, что и поднимать они не должны сервер, и предоставляют только доступ к серверу с установленной ОСью.
2. переезжайте, но разворачивайте бэкап и переносите не переписывая NSы. Чтоб работал старый сайт пока не оттестите все до последней функции.
Ну и в принципе в любом случае придется читать FAQи и мануалы. Или привлекать человека кто разбирается в этом.
Я до сих пор ничерта в этом не понимаю((
мне просто повезло, у меня одмин хороший